ruizsebastien : pour la variable LD_LIBRARY_PATH, elle n'était même pas dans les variables d'environnement
env | grep 'LD_LIBRARY_PATH'
J'ai ajouté : LD_LIBRARY_PATH=/usr/pgsql-9.6/lib/
rjuju : je fais l'installation avec l'utilisateur root et quand je fais locate pg_config : /usr/pgsql-9.6/bin/pg_config et n'étais pas présent dans le PATH et je l'ai ajouté
Mais le problème persiste avec la même erreur.
]]>Une piste à creuser : avez-vous valoriser la variable d'environnement LD_LIBRARY_PATH ?
Elle doit contenir le repertoire qui contient les librairies postgresql.
exemple :
LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib:/usr/lib64:/opt/rh/rh-postgresql10/root/usr/lib64/:/opt/rh/rh-postgresql10/root/usr/lib/:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH
La commande d'installation du nouveau package est la suivante : install.packages('/root/test/RPostgres_1.1.1.tar.gz')
Et voici le retour :
Installation du package dans ‘/usr/lib64/R/library’
(car ‘lib’ n'est pas spécifié)
inferring 'repos = NULL' from 'pkgs'
* installing *source* package ‘RPostgres’ ...
** package ‘RPostgres’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
Using PKG_CFLAGS=
Using PKG_LIBS=-lpq
------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because libpq was not found. Try installing:
* deb: libpq-dev (Debian, Ubuntu, etc)
* rpm: postgresql-devel (Fedora, EPEL)
* rpm: postgreql8-devel, psstgresql92-devel, postgresql93-devel, or postgresql94-devel (Amazon Linux)
* csw: postgresql_dev (Solaris)
* brew: libpq (OSX)
If libpq is already installed, check that either:
(i) 'pkg-config' is in your PATH AND PKG_CONFIG_PATH contains
a libpq.pc file; or
(ii) 'pg_config' is in your PATH.
If neither can detect , you can set INCLUDE_DIR
and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
--------------------------------------------------------------------
ERROR: configuration failed for package ‘RPostgres’
* removing ‘/usr/lib64/R/library/RPostgres’
Warning message:
In install.packages("/root/test/RPostgres_1.1.1.tar.gz") :
l'installation du package ‘/root/test/RPostgres_1.1.1.tar.gz’ a eu un statut de sortie non nul
J'ai vérifié si les packages libpq et postgres_devel sont installés et sont bien présents :
rpm -qa | grep postgresql | grep devel
postgresql96-devel-9.6.10-1PGDG.rhel7.x86_64
rpm -qa | grep libpq
libpqxx-devel-5.0.1-2.rhel7.x86_64
libpqxx-5.0.1-2.rhel7.x86_64
Est ce que vous avez une idée comment faire dans ce cas ?
Merci à l'avance.
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